주인공인 우즈마키 나루토는 여러 임무를 수행하는 도중 오로치마루라는 강력하고 사악한 닌자가 나뭇잎 마을을 위기로 몰아넣고 있다는 사실을 알게 된다. 그런데 알고 보니 오로치마루는 아카츠키라는 비밀 테러조직의 일원에 불과했으며 그 중 한 명인 우치하 이타치에게 패배하고 도주한 상태였다. 이타치에게 명령을 내리는 아카츠키의 리더 페인은 스스로를 신이라 여기고 미수들을 모아서 무력으로 세계를 안정시키려는 위험한 사상의 소유자였다.

그런데 알고 보니 아카츠키의 진정한 보스는 토비였고 페인은 그의 선동에 넘어가 조종당한 꼭두각시에 불과했다. 이 토비야말로 16년 전 구미호 사건을 일으키고 제 4차 닌자대전을 발발시킨 진정한 흑막이었다. 그런데 알고 보니 토비 역시 과거 우치하 마다라와 만나서 그의 대역으로 행동했을 뿐인 카게무샤였으며 그의 타락 역시 마다라가 의도한 것이었다. 바로 이 마다라가 모든 일의 흑막으로서 육도선인의 힘마저 손에 넣어 자신의 궁극적인 목적을 달성해내며 닌자 세계의 최대 위협으로 군림한다.

그런데 알고 보니 그 역시 오오츠츠키 카구야의 교묘한 계획에 이용당한 존재였으며 카구야가 최후의 순간 정체를 드러내 마다라를 흡수해버린다. 하지만 여차저차하여 결국 카구야를 봉인하고 세계를 구원하는 데 성공한다. 그런데 또 알고 보니 한때는 적이 되었으나 도중부터 개심한 것처럼 행동하며 함께 싸워준 친구 우치하 사스케는 사실 5카게를 처형하고 새로운 세상을 만드는 혁명을 획책하고 있었으며 형의 의지고 뭐고 무시하고 나루토와 최종결전을 벌인다.