1986년 어느 과학자의 연구로 달에 토끼가 살고 있다는 사실이 밝혀졌다. 지구는 이들을 '달 토끼(月うさぎ)'라고 명명했고 이후 1992년 민간 연구원이 달과의 교신에 성공해 달 토끼에게 지능이 있음을 발견했다.

달 토끼에 대한 사람들의 흥미[3]는 깊어졌고 이에 대한 여러가지 추측이 난무했다. 하지만 1996년 달 표면을 저공비행하던 우주왕복선이 누군가의 공격으로 파괴된다.

이는 모두 토끼들의 소행으로 사실 달 토끼는 인간보다 너무나도 우월한 지능을 가지고 있었다. 결국 달 토끼들은 1999년 지구에 선전포고. 토끼들은 인간들에게 완전항복을 요구하면서 지구를 침략했고, 이 전쟁으로 달 토끼의 존재가 민간인들에게도 널리 알려졌다. 지구는 혼란에 빠졌고 사람들은 토끼들의 침략에 대항했지만, 이들에게는 인간이 만든 병기가 전혀 통하지 않았다.

2000년 인간 측에서는 달 토끼들을 격퇴하기 위한 '월영 작전'(月影作戰)을 개시하였고 전 세계에서 후보자를 모았다. 또한 달 토끼들과의 교섭도 진행하였다.

2002년 결국 인간 측에서는 월영작전의 후보자들 중 한 사람이 선출되었다. 그의 이름은 신토 쿠로우도(神道蔵人. 본 게임의 주인공)로 초인적인 신체능력을 가진 사무라이였다. 인류 최후의 희망이 된 주인공은 월영작전을 수행하기 위해 달을 상정하고 건물을 베면서 수련을 해 나갔다.

2003년 달 토끼들의 최종권고가 발표되었고 지구로부터 탈출 희망자가 쇄도했다. 한편 월영작전은 최종단계까지 진입하고 이제 주인공은 번개마저도 벨 수 있게 되었다.

2004년 4월. 지구로 달이 접근하도록 조정하면서 지구를 위협하는 달 토끼들과 주인공의 싸움이 시작되었다. 달 토끼들의 수많은 공격을 경이적인 신체능력으로 헤쳐 나온 주인공은 결국 달 토끼 격퇴에 성공한다. 월영작전은 단지 주인공 한 사람의 손으로 이루어진 것이다.